質問があったので、久々にアフィリエイト商品モジュールに関しての投稿です。
デフォルトの状態で、アフィリエイト商品は
Zen-Cart管理画面>追加設定・ツール>商品の閲覧回数ランキング
に表示されません。
これは、商品の閲覧回数ランキングの機能自体が、商品タイプの設定項目「この商品はカートに追加可能:」がYの場合のみ表示するようにしているためです。
この表示制限をしている部分を解除してあげれば、アフィリエイト商品が商品の閲覧回数ランキングに表示されるようになります。

具体的には、
admin/stats_products_viewed.phpの80行目付近

// only show low stock on products that can be added to the cart
    if ($zc_products->get_allow_add_to_cart($products->fields['products_id']) == 'Y') {

// only show low stock on products that can be added to the cart
//    if ($zc_products->get_allow_add_to_cart($products->fields['products_id']) == 'Y') {

に。その下の

}
    $products->MoveNext();
  }

//    }
    $products->MoveNext();
  }

とif文をひとつコメントアウトすればOKです。
販売数ランキングや在庫数ランキングが、カートに追加可能な商品に限っているのはわかりますが、
閲覧回数ランキングは、わざわざカートに追加可能な商品に限定する必要もないと思うのですが・・・。